Les scores de risque polygénique donnent des résultats inexacts et très incohérents dans la sélection des embryons, selon les chercheurs
Les scores de risque polygénique (PRS) sont des estimations de la susceptibilité d'un individu à un trait complexe spécifique, obtenues en regroupant les effets de dizaines, de milliers et potentiellement de millions de variantes génétiques associées à ce trait spécifique en un seul chiffre. Certaines entreprises privées commercialisent désormais le dépistage des embryons par PRS auprès des futurs parents grâce à l'utilisation de la fécondation in vitro et de tests génétiques préimplantatoires.
Bien que le PRS ait un grand potentiel de prédiction chez les individus nés vivants (principalement adultes), sa précision est encore loin d’être parfaite. Et cela est encore plus vrai pour son utilisation dans la sélection d'embryons préimplantatoires (PGT-P), affirment les scientifiques japonais qui ont découvert à quel point les résultats peuvent être imprécis et incohérents. Leurs résultats ont été présentés lors de la conférence annuelle de la Société européenne de génétique humaine.
À l'aide de simulations informatiques à grande échelle et de données de BioBank Japan, le Dr Shinichi Namba, du Département d'informatique du génome, École supérieure de médecine, Université de Tokyo, Japon, et ses collègues, ont construit des PRS pour le PGT-P afin de prédire la taille adulte, comme ainsi que le risque de diabète de type 2 (DT2).
Ils ont sélectionné au hasard 500 hommes et 500 femmes à partir desquels ils ont simulé des couples. Pour chacun de ces couples, ils ont simulé 10 embryons, puis appliqué les six méthodes PRS les plus largement utilisées pour prédire les données sur la taille et le diabète de ces embryons.
Lorsqu'ils ont évalué les « meilleurs » embryons, c'est-à-dire ceux qui seraient les plus grands et ceux présentant le moindre risque de diabète sélectionnés par chaque méthode, ils ont été surpris de constater qu'il y avait peu ou pas de concordance entre eux.
“Nous ne nous attendions pas à un tel manque de robustesse. Aucune combinaison de deux méthodes PRS n'a sélectionné le même embryon plus de la moitié du temps. L'embryon le moins bien classé en utilisant une méthode pourrait être le mieux classé dans une autre. Pire encore, il suffit de répéter la même méthode a produit une évaluation d'embryon différente à chaque fois, et ce modèle était le même lors du dépistage de la taille et du DT2.
“Il n'existe pas de méthode unique de pointe, et chaque chercheur utilise celle qu'il préfère, mais nos résultats ont été si concluants que nous pouvons affirmer avec certitude que les scores PRS des embryons sont fondamentalement sans valeur à l'heure actuelle”, explique le Dr Namba. “Il ne sert à rien de poursuivre ces recherches tant que la technologie ne s'améliore pas.”
De nombreuses conditions sont causées par une combinaison de génétique et d’environnement, et les PRS ne sont capables de capturer que des parties de l’un des composants génétiques pertinents, qui sont eux-mêmes susceptibles d’être très complexes et difficiles à analyser.
Utiliser les dépistages PRS afin de sélectionner un embryon « approprié » signifie que de nombreux embryons devraient être rejetés, peut-être inutilement, ce qui serait contraire à l'éthique. Dans le contexte d’un traitement de fertilité, il y a généralement très peu d’embryons parmi lesquels choisir, il est donc important que le choix de l’un ou de l’autre soit basé sur des preuves solides.
« Bien que les tests préimplantatoires pour les affections ayant une cause génétique unique soient fondés sur des preuves, ce n'est pas le cas pour les PRS. Je pense que les entreprises vendant ce service aux futurs parents devraient clairement énoncer ses limites et reconnaître la nature inexacte et incohérente du résultats », déclare le Dr Namba.
“Et même si nous comprenons le désir d'avoir un bébé en bonne santé, si nous arrivons un jour à un stade où la précision de cette technologie est grandement améliorée, elle ne devrait pas être largement disponible sans qu'un débat à l'échelle de la société ait lieu.”
Le professeur Alexandre Reymond, du Centre de génomique intégrative de l'Université de Lausanne, Lausanne, Suisse, et président de la conférence, a déclaré : « Ces résultats s'alignent parfaitement avec la recommandation de l'ESHG concernant l'utilisation de scores de risque polygéniques dans les tests génétiques préimplantatoires, c'est-à-dire que c'est pour le moment à la fois non prouvé et contraire à l'éthique.
